科技改变生活
一、项目简介
秀鹏生物®纳米孔（Nanopore）测序技术平台用于人类血型基因第三代长读长靶向测序（Third-generation Sequencing, TGS），检测服务基于单分子长读长，主要包括 20 个血型系统（23 个血型基因），如ABO、MNS（GYPA/GYPB）、P1PK、RH（RHD/RHCE）、Lutheran、Kell、Lewis、Duffy、Diego、Yt、Scianna、Dombrock、Colton、LW、H（FUT1/FUT2）、Gerbich、JMH、Globoside、LAN、Vel 等，以及转录因子 KLF1 的基因测序服务。
其中，ABO、Lutheran、Lewis、Duffy、Diego、Yt、Dombrock、Colton、LW、H（FUT1/FUT2）、LAN、Vel 及 KLF1 等 13 个血型系统（14 个血型基因）采用单扩增子策略实现全长基因扩增，无需序列拼接。
MNS（GYPA/GYPB）、P1PK、Kell、Scianna、Gerbich、JMH、Globoside 等 7 个血型系统（8 个血型基因）通过两段扩增子覆盖全长基因；RH 系统的两个基因（RHD、RHCE）采用四段扩增子进行全长基因扩增。
对于多扩增子扩增的基因，扩增子之间的重叠区域最长可达2000bp，能够有效保障后续序列的精准组装与单倍型解析。检测结果可用于科学研究，不可用于临床诊断。
技术原理
靶向富集目标基因序列区域并建立DNA文库,测序过程采用纳米孔（Nanopore）测序技术。其原理在人工合成的纳米级孔道芯片中建立稳定的电流通道，待测的双链 DNA 在解旋酶（helicase）作用下解链形成单链 DNA，随后由孔口的马达蛋白（motor protein）以可控速度牵引进入纳米孔，从而保证信号采集的分辨率和准确性。不同碱基（A、T、C、G）或碱基组合通过纳米孔时，会引起电流阻滞程度的细微差异，孔道内的传感器实时捕获这些变化并转化为电子信号。采集到的电流信号经计算机算法（basecalling）解析后，最终转换为对应的 DNA 序列信息。通过软件与标准DNA数据库比对分析目标基因序列可能会导致的血型抗原差异。
简易流程
基因组 DNA 首先通过特异性 PCR 引物扩增捕获目标血型基因片段，随后对扩增产物进行纯化富集。纯化富集后的产物依次完成末端修复、条形码接头（barcode adapter）连接，实现样本区分，并进一步连接测序所需的测序适配子（adapter），完成文库构建；最终上机测序及结果分析。
数据分析
公司自主开发的分析软件基于NanoFilt、Canu、Flye、Medaka、CD-HIT、Minimap2、Samtools 等主流算法工具集成编写，构建覆盖原始reads质控与纠错、序列聚类、基因组组装及单倍型解析的完整分析流程，有效发挥纳米孔长读长在复杂结构区域及高同源血型基因分析中的技术优势，无需人工判读比对，实现高准确度测序组装与高分辨率单倍型精准分型。
血型基因测序结果判读引用美国国家生物技术信息中心（NCBI）建立的DNA序列数据库—GenBank的标准血型基因序列，依据国际输血协会（International Society of Blood Transfusion ,ISBT）血型基因标准数据库进行分析与注释，分析软件支持血型基因数据库实时更新并进行版本管理，确保判读结果的准确性与可追溯性的同时，保障了检测结果依据最新的国际输血协会血型基因标准权威性。
二、技术优势
超长读长测序
单倍体读长最长可达 20 kb。根据不同血型基因的全长特征，针对性设计覆盖完整基因区域（外显子、内含子及关键调控区域）的扩增与测序方案，相邻扩增片段设置约2000 bp的重叠区域，有效降低序列拼接误差，可显著提升组装结果的完整
性与准确性。
精准单倍型解析能力
可直接区分两条等位基因，实现等位基因及单倍型水平的精准区分。适用于复杂血型系统
尤其适合RHD/RHCE、MNS等高同源、高结构复杂度血型基因，实现单链全长准确测序。支持罕见与新变异发现
可识别传统方法难以检测的变异类型，准确解析疑难样本。
检测高通量
平台采用单芯片高密度设计，集成4096个孔道蛋白/芯片，支持≥350 nt/s的高速测序，数据产出速率约10 Mb/min。单样本可在1.5 h内一次性完成20个血型系统（23个血型基因）的检测，并在测序深度≥100×时实现99.995%的一致性准确率。50G容量单芯片可实现同时容纳96个样本的检测量。
三、血型基因覆盖范围
血型系统 | 扩增覆盖区域说明/目标片段长度 | 扩增子数 | 市场报价（元/人份） |
ABO | 外显子 1–7 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（19.8kb） | 1 | 960 |
MNS（GYPA） | 外显子 1–7 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（31.7kb） | 2 | 1180 |
MNS（GYPB） | 外显子 1–5 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（26.9kb） | 2 | 1180 |
P1PK | 外显子 1–3 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（33kb） | 2 | 1180 |
RH（RHD） | 外显子 1–10 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（56.6kb） | 4 | 1200 |
RH（RHCE） | 外显子 1–10 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（58.5kb） | 4 | 1200 |
Lutheran | 外显子 1–15 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（16.5kb） | 1 | 860 |
Kell | 外显子 1–19 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（23.8kb） | 2 | 1180 |
Lewis | 外显子 1–3 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（14.9kb） | 1 | 960 |
Duffy | 外显子 1–2 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（7.6kb） | 1 | 860 |
Diego | 外显子 1–20 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（19.7kb） | 1 | 960 |
Yt | 外显子 1–6 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（7.2kb） | 1 | 860 |
Scianna | 外显子 1–12 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（29.7kb） | 2 | 1200 |
Dombrock | 外显子 1–3 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（18.8kb） | 1 | 960 |
Colton | 外显子 1–4 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（19.5kb） | 1 | 960 |
LW | 外显子 1–3 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（6.4kb） | 1 | 860 |
H（FUT1） | 外显子 1–4 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（11.4kb） | 1 | 860 |
H（FUT2） | 外显子 1–2 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（10.1kb） | 1 | 860 |
Gerbich | 外显子 1–3 + 内含子1-3+部分 5'/3' 非编码区（41kb） | 2 | 1180 |
JMH | 外显子 1–14 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（26.8kb） | 2 | 1180 |
Globoside | 外显子 1–6 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（26.5kb） | 2 | 1180 |
LAN | 外显子 1–19 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（14.5kb） | 1 | 960 |
Vel | 外显子 1–4 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（6.1kb） | 1 | 860 |
KLF1 | 外显子 1–3 + 全内含子 + 部分 5′/3′ NCR（6.1kb） | 1 | 860 |
其它检测项目 | 单独咨询 | ||
四、样本要求
以下两种样本类型任选其一即可：
外周全血样本 | 基因组 DNA 样本 |
Ø EDTA或枸橼酸钠抗凝（肝素除外） Ø 样本量≥ 1 mL
| Ø 浓度≥ 30 ng/μL Ø 纯度要求：OD260/280 = 1.8–2.0 Ø 样本量≥ 50 μL |
样本可在2-8℃2周，-20℃及以下保存1年；泡沫箱加冰袋运输时间4天内。 | |
邮寄地址：天津高新技术产业园区海泰绿色产业基地海泰发展六道F座3门6层 收件人：秀鹏生物实验室 邮寄咨询及收件电话： 13021347959 | |
五、检测周期及结果交付
1、检测周期：自接收合格样本起7个自然日
2、结果交付：
（1）单倍型序列
（2）参考基因序列
（3）原始分析文件（.dna 格式）
（4）血型基因分型结果报告（仅供科研）
（5）工程师报告解读咨询服务
